Foggia col nome di Fossa doveva probabilmente essere una borgata sita nella parte meridionale del tenimento dell’antica città di Arpi, ma la sua storia è legata a un fatto miracoloso avvenuto nel 1062: “un bue menato al pascolo, abbeverandosi presso un pantano (zona acquitrinosa), a breve distanza dalla taverna del “Gufo”, si pose in ginocchio, mentre sull’acqua guizzavano tre misteriose fiammelle. A tal vista i pastori accorsero sul posto e, scrutando sotto la superficie dell’acqua, scoprirono un tavolo di forma rettangolare avvolto in teli. Estratto dall’acqua, il tavolo fu portato nella vicina taverna del Gufo che in seguito fu trasformata in Chiesa, intitolata a S. Tommaso Apostolo.
La notizia dell’invenzione miracolosa del Tavolo, ritenuto sacro, si sparse dovunque e cominciarono ad affluire da ogni parte numerosi i pellegrini. È logico pensare che il S. Tavolo liberato dai teli sia stato esposto alla venerazione dei pellegrini, che ebbero modo di ammirare l’immagine della Vergine SS.ma Madre di Dio, come nelle antiche icone orientali, e che in un secondo tempo sia stato nuovamente coperto da teli o veli.
Primi fra tutti accorsero clero e fedeli dell’antica Arpi, scampati alla distruzione della città, avvenuta verso la fine del secolo X, e sparsi qua e là in luoghi sicuri, che decisero stabilirsi nella borgata, che successivamente fu denominata S. Maria de Fovea o de Fogia.Tra i pellegrini fu anche il Duca Roberto il Guiscardo, che, spinto da pietà filiale verso la Madre di Dio, dopo aver fatto prosciugare il luogo dell’apparizione, fece erigere un tempio in onore dell’Iconavetere: corrisponde pressoché all’attuale cripta della Cattedrale. Il tempio dedicato a S. Maria fu eretto verso la fine del secolo XI. In seguito, Guglielmo il Buono, figlio di Ruggiero, Duca di Puglia, nel 1172 dette inizio 
alla costruzione del nuovo tempio a croce latina e a tre navate di stile romanico, caratterizzato da un duplice livello interno, quello delle navate di poco più alto del piano strada, quello del transetto, invece, elevato di circa quindici gradini rispetto a quello della navata, coincidente con la parte terminale della cripta. La costruzione del nuovo tempio è da attribuirsi a Nicola di Bartolomeo (presunto scultore di quattro capitelli della cripta), che non portò a termine l’opera per la morte di Guglielmo il Buono. Ripresi i lavori, fu portato a termine dal protomastro Bartolomeo da Foggia, (artefice del Palazzo di Federico II), verso la metà del XIII secolo, con diverse modifiche rispetto al progetto originario. Il Can. G. Calvanese, descrivendo nel 1694 la storia del Tempio di S. Maria, asseriva che anche la chiesa sotterranea subì modifiche per reggere tutta l’area del transetto della Chiesa superiore. Sulle tre absidi della cripta furono erette le tre absidi di quella superiore.
Dato l’incremento demografico, si avvertì la necessità di favorire una più numerosa partecipazione di fedeli alle sacre funzioni. Pertanto, tra la fine del 1600 e l’inizio del 1700 ebbero luogo i lavori che trasformarono quasi radicalmente la Chiesa maggiore. Furono demolite le navate laterali e i muri perimetrali furono ulteriormente alzati, veniva annullato il dislivello tra la navata e il transetto, costruendo un nuovo succorpo a tre navate a prolungamento del primo (cripta), su cui poggia la navata superiore. La cripta o vecchio monumentale succorpo fu ampliato, creando altre due absidi ai lati delle tre preesistenti, come fondamenta per le due cappelle superiori, dove sono collocati il grande artistico crocifisso di P. Frasa e il S. Tavolo dell’Iconavetere.
alla costruzione del nuovo tempio a croce latina e a tre navate di stile romanico, caratterizzato da un duplice livello interno, quello delle navate di poco più alto del piano strada, quello del transetto, invece, elevato di circa quindici gradini rispetto a quello della navata, coincidente con la parte terminale della cripta. La costruzione del nuovo tempio è da attribuirsi a Nicola di Bartolomeo (presunto scultore di quattro capitelli della cripta), che non portò a termine l’opera per la morte di Guglielmo il Buono. Ripresi i lavori, fu portato a termine dal protomastro Bartolomeo da Foggia, (artefice del Palazzo di Federico II), verso la metà del XIII secolo, con diverse modifiche rispetto al progetto originario. Il Can. G. Calvanese, descrivendo nel 1694 la storia del Tempio di S. Maria, asseriva che anche la chiesa sotterranea subì modifiche per reggere tutta l’area del transetto della Chiesa superiore. Sulle tre absidi della cripta furono erette le tre absidi di quella superiore.
La parte absidale fu prolungata per far posto agli stalli canonicali o coro del Capitolo di S. Maria e per tale operazione furono necessarie nuove fondamenta (visibili all’esterno: formano l’arco o passaggio coperto da via Campanile a P.zza P. Felici (ex P.zza Duomo).All’interno, lo stile romanico cede il posto al barocco, (mentre la parte inferiore esterna conserva l’antico stile fino al cornicione): le pareti in pietra viva e poi in tufo furono coperte da intonaco, divise da lesene e archi ciechi, sormontate a circa due terzi di altezza da un cornicione che accompagna tutto il perimetro della Chiesa; al di sopra del cornicione le grosse vetrate per illuminare l’interno (ora le vetrate sono istoriate). Il soffitto della Chiesa è a botte unghiata.
Alla cripta o vecchio succorpo, quando la chiesa era ancora a tre navate, si accedeva da due scalinate interne poste al termine delle navate laterali, dopo si accederà, come è oggi, da due scalinate esterne con atri d’ingresso a forma pressoché circolare, su cui poggiano le parti terminali del transetto, corrispondenti alle cappelle dei Ss. Guglielmo e Pellegrino e della Pietà.
Il campanile, che originariamente sorgeva sull’area dell’attuale cappella del Crocifisso, rovinò il 29.2.1534 e fu ricostruito a spese della città nel 1646, ma più basso, infine fu demolito agli inizi del 1700, per costruire la cappella (simmetrica a quella dell’Iconavetere), dove nel 1711 fu collocato il Crocifisso e ai suoi piedi fu sepolto l’artista scultore Pietro Frasa. Le due cappelle, laterali all’area presbiteriale, terminano con cupole coniche cieche, a differenza della grande cupola eretta sulle arcate centrali del transetto, che termina con la “lanterna” a forma cilindrica. Anche la facciata o prospetto d’ingresso venne modificata in altezza e fu demolito l’antico artistico rosone per far posto al finestrone “francesce”. La porta principale d’ingresso rimase all’altezza originaria e per accedere al nuovo piano della navata furono create due scalinate interne, a destra e a sinistra dell’atrio d’ingresso.
I lavori della trasformazione del Tempio maggiore iniziati nel 1687 durarono circa 20 anni, perché, appena demolita la navata a destra dell’ingresso, non si ebbe modo di proseguire con la demolizione dell’altra navata, per una lunga controversia intercorsa tra la Collegiata e le Monache Clarisse. Queste costituivano la seconda comunità monastica, oltre quella sita in Via Arpi, e occupavano, sin dal 1665, come convento l’attuale scuola “G. Pascoli” ex Conservatorio per orfane, e come cappella, utilizzavano la Chiesa dell’Annunziata, non più sede dell’omonima Arciconfraternita. Appena insediatesi, le Clarisse, consenzienti i Canonici, chiesero al Vescovo che si costruisse un corridoio di collegamento nella navata sinistra del duomo, che consentisse loro di prender parte alle sacre funzioni, seguendole attraverso un’ampia apertura sul transetto guarnita da doppia grata. Per continuare a fruire di detto corridoio si opposero caparbiamente alla demolizione della navata e, pertanto, impedirono il prosieguo dei lavori. La controversia, che coinvolse i Canonici, il Vescovo e la Congregazione dei Vescovi e Religiosi, durò dal 1675 al 1702, quando si giunse finalmente ad un accordo: le Monache dietro compenso di mille ducati rinunciavano definitivamente ad ogni loro pretesa.
Rimosso ogni ostacolo, si proseguì nei lavori. In alternativa al campanile demolito non ci è dato sapere se nel globale progetto di trasformazione fosse stata prevista la erezione di un altro in sito diverso.
Il terremoto del 20.3.1731 che devastò l’intera città di Foggia, arrecò danni considerevoli anche alla Chiesa maggiore, per cui furono necessari urgenti lavori di riparazione e di restauro. Un primo lotto di lavori interessò il ripristino della Cappella dell’Iconavetere, per accogliere il Sacro Tavolo che era stato portato al sicuro prima nella Chiesa di S. Maria di Costantinopoli e poi in quella di S. Giovanni Battista, dove rimase fino al 1736.
Altri lavori furono eseguiti nel 1748 e riguardarono il restauro di alcuni ambiti interni della Chiesa. Per il progetto di globale restauro della medesima, i periti lavorarono per ben quattro anni, dal 1751 al 1755. Fatte le necessarie perizie e compilato il definitivo progetto, approvato dalla Real Camera, si dette inizio ai lavori a spese del Comune, giacché in forza della convenzione stipulata tra il Comune e il Capitolo nel 1673, la chiesa era di patronato municipale.
I lavori eseguiti: - fu consolidato il muro della facciata sul lato della cappella dell’Iconavetere; - furono eliminate le due scalinate interne che dall’ingresso principale portavano al piano della navata per consolidare la facciata principale; - il portale della chiesa fu portato all’altezza della navata e per l’ingresso dei fedeli fu necessaria la costruzione della scalinata esterna; - fu rifatto il cornicione dell’abside per uniformarlo a quello della navata; - furono ricostruiti il soffitto e la copertura della chiesa riscontrati marciti e pericolanti.
In questa circostanza si costruì nell’angolo opposto all’attuale campanile un locale per il tesoro della chiesa, che venne invece utilizzato come cappella in onore di S. Antonio. Tale costruzione ha occultato fino al 1958 una delle due antiche porte minori o laterali del tempio (l’altra porta minore sul lato opposto del tempio è coperto dal campanile).
Il campanile di stile neoclassico fu costruito su disegno dell’Arch. Garofano di Pisa nella seconda metà del 1700 (1777?).
Dal 1855, anno dell’erezione della Diocesi di Foggia, al 1860 si progettò l’ampliamento del Duomo. Favorevolmente accolto con Real Rescritto del 18.2.1860, il progetto non ebbe esecuzione a causa degli avvenimenti politici e le lotte risorgimentali per l’unità d’Italia.
Altri interventi di riparazione e restauro furono necessari durante il governo pastorale di Mons. Farina.
La notte 22-23 marzo 1926 un fulmine caduto sulla Cattedrale provocò danni al campanile, al tetto e al soffitto della Chiesa. Nel giro di due anni di febbrile lavoro la Cattedrale fu riaperta al culto il 4.6.1928, in occasione della venuta a Foggia del Re Vittorio Emanuele III per l’inaugurazione del monumento ai caduti della Prima Guerra mondiale, eretto nell’attuale piazza U. Giordano.
Riparati i danni, si pensò ad opere di rinnovo interno del tempio: nuova pavimentazione con marmo bianco e grigio a scacchiera e al centro del transetto una lastra marmorea col disegno dello stemma della città; i muri, le lesene e i pilastri rivestiti di stucco e dipinti a finto marmo; al di sopra del cornicione, nella navata e nel transetto, oltre il cornicione, furono collocati i dipinti di Guido Grilli: gli Evangelisti e i profeti Geremia ed Isaia.
Più tardi, nel 1932, Mons. Farina fece realizzare le vetrate istoriate del Duomo dalla Ditta De Matteis di Firenze, su disegni di G. Milone di Napoli.
Nel luglio e agosto 1943 i bombardamenti aerei causarono rovine ingenti alla città e la Cattedrale, sebbene scampata alle bombe, subì tuttavia non lievi danni; furono necessari altri lavori: rifare i tetti, riparare le lesioni nei muri, nella cupola centrale e nella volta dell’abside, consolidare le fondamenta, rifare le vetrate istoriate.
Nel 1946 Mons. Farina ottenne dal Genio Civile la costruzione della sacrestia, della canonica e della sala capitolare su aree adiacenti la parte absidale del Duomo, che lo stesso Presule acquistò nel 1927 dalle famiglie Surdi e Bellezza e nel 1947 dai proprietari Celeste Tota (con atto Notar N. Pepe) e La Mura (atto Notar A. Borghesan), aree di case fatiscenti e distrutte dai bombardamenti, della superficie complessiva di mq. 600. A spese del Genio civile di Foggia i lavori, appaltati dall’Impresa Emilio Di Gianvito, iniziarono nel 1947, ma non furono portati a termine nel tempo stabilito per sorte difficoltà tecniche, economiche e legali. Il tutto, così com’è oggi, fu concluso nel 1954.
Negli anni 1953-54, mentre si portavano a termine i lavori di consolidamento e di restauro (a spese del Genio civile), fu decisa la demolizione della Cappella di S. Antonio per rimettere in luce la bellezza artistica dell’antica porta laterale (murata perché non più funzionale…).
Nel 1958-59 la Soprintendenza alle Belle Arti fece eliminare la scalinata esterna di accesso all’entrata principale e ripristinare il vano d’ingresso con le due scalinate laterali interne per accedere alla navata. In questa azione di ripristino si pensò di creare una scalinata che dal vano di ingresso portasse giù al Succorpo. Negli anni settanta c’è un ulteriore e definitivo intervento della Soprintendenza per eliminare le tre scalinate e crearne una sola che dal vano d’ingresso porta al piano della navata.
Da fine novembre 1998 sono iniziati i lavori di restauro della Cattedrale per conto dell’Assessorato ai Beni Culturali del Comune di Foggia e con i finanziamenti della Regione Puglia, del Comune di Foggia e della Conferenza Episcopale Italiana. I lavori, affidati all’Impresa COVER di Foggia (contratto n. 6643 del 2.11.1998), sotto la direzione degli Architetti M. Stasolla, e M. Dembech e dell’Ing. G. Zefferino, avranno termine nel novembre del 2000. Pertanto, la Cripta è attualmente chiusa al culto.
Cripta e nuovo Succorpo
L’attuale stato della Cripta, malgrado le modifiche apportate per realizzare l’impianto attuale della Chiesa superiore, conserva sostanzialmente le caratteristiche originali.
L’attuale stato della Cripta, malgrado le modifiche apportate per realizzare l’impianto attuale della Chiesa superiore, conserva sostanzialmente le caratteristiche originali.
Sono da ammirare i quattro capitelli che sormontano le colonne centrali, opera di Nicola di Bartolomeo. La forma originale della Cripta era a croce greca e a tre navate; con le modifiche apportate, mentre conserva le tre navate sull’asse degli ingressi, è invece a cinque navate sull’asse che dagli absidi va al nuovo Succorpo.
Nell’abside centrale vi è un affresco del XIV-XV secolo raffigurante Gesù Maestro, scoperto nei recenti lavori di restauro. L’antico altare, addossato all’abside centrale, è stato eliminato per far posto al nuovo collocato al centro del piccolo presbiterio, secondo le nuove norme liturgiche.
Sul lato opposto alle absidi laterali sono visibili gli antichi ingressi che consentivano, mediante scalinate, il passaggio dalla Chiesa superiore alla Cripta, prima che fosse demolito l’antico impianto a tre navate ed elevato il piano della navata longitudinale della Chiesa superiore. A reggere quest’ultima (la navata longitudinale) fu creato il nuovo Succorpo, a tre navate dove si conservano l’urna in legno dorato del Cristo morto e le statue della Passione eseguite dal foggiano Giuseppe Fiore nel 1865. In esso sono anche le tombe di alcuni Vescovi.